Se realizó una investigación de desarrollo de enfoque cualitativo, con el propósito de identificar  las competencias profesionales específicas de los Rectores de las Universidades de Ciencias Médicas Cubanas contemporáneas (UCMCC). Para ello se estudió todo el universo de los Rectores (14) de dichas Universidades en el año 2012. Se utilizaron métodos teóricos tales como: estudio bibliográfico, estudio documental, análisis lógico-histórico y análisis- síntesis. Fueron empleados también métodos empíricos como: grupo focal y opinión de expertos. Se utilizó para la identificación de las competencias el método funcional. Se logró determinar en relación con las UCMCC, las principales características del contexto en que se desarrollan, misión y visión, modelo de formación al que se adscriben, caracterización como objeto de dirección y los elementos sustantivos de la dirección académica en salud. A partir de ello se identificó el perfil de competencias del Rector de la UCMCC, considerando las diferentes funciones que éste realiza en su labor de dirección. Se recomendó dar continuidad al estudio, con la normalización, evaluación y certificación de las competencias identificadas.