Introducción: los desechos generados en las instituciones de salud poseen una gran complejidad, ya que comprenden, además de los desechos comunes, desechos infecciosos, materiales tóxicos y radiactivos. Objetivo: implementar un sistema de manejo seguro de los desechos sólidos generados en instituciones de salud de los diferentes niveles de atención. Materiales y métodos: se realizó un estudio transversal en dos etapas; en la primera se caracterizó la generación y manejo de los desechos sólidos y en la segunda se desarrolló el sistema de manejo, con la elaboración/perfeccionamiento del plan institucional. La caracterización se realizó mediante una encuesta a través de un cuestionario. Se exploraron las características de la institución de salud y sus servicios; limpieza de las áreas y las etapas del manejo de los desechos sólidos. El personal involucrado en la caracterización de la generación y manejo de estos desechos, recibió una capacitación previa al efecto. La ejecución se realizó desde Septiembre/2008 a Diciembre/2011. Resultados: la caracterización de la generación de los desechos sólidos generados se realizó cualitativa y semi – cuantitativa. La cantidad de desechos sólidos generados varió entre las instituciones de primer, segundo y tercer nivel de atención. Se elaboró/perfeccionó el plan institucional de manejo de los desechos sólidos, el cual incluyó un listado de verificación que permite su evaluación y perfeccionamiento. Conclusiones: la caracterización permitió dimensionar los recursos humanos y materiales necesarios. El plan institucional constituye una herramienta para la gestión hospitalaria y contribuye a elevar la calidad de los servicios que brindan dichas instituciones.