O PMAQ tem como propósito induzir a melhoria do acesso e qualidade da atenção básica. Pretende-se relatar a experiência de pesquisadores na avaliação externa das Unidades Básicas de Saúde. Para a aplicação dos questionários utilizou-se um instrumento padronizado e validado, que incluiu três módulos: observação da unidade, entrevista com profissional de saúde e com usuários. Durante quatro meses visitou-se 238 municípios, realizando 381 entrevistas com profissionais e 1.547 com usuários. A validação ocorreu em software desenvolvido pelo Ministério da Saúde. Considera-se uma experiência pioneira de cooperação entre universidades, governo federal, estados e municípios para a institucionalização da avaliação na Atenção Básica.