La influenza es una enfermedad respiratoria que presenta un comportamiento epidémico elevado, siendo los principales agentes etiológicos los virus influenza A y B. Los virus influenza A, son los principales responsables de las epidemias anuales y los únicos causantes de las pandemias. El enfrentamiento a estos agentes virales se basa en el empleo de vacunas y de fármacos inhibidores de las proteínas virales M2 y NA. En la actualidad, el uso de los antivirales ha sido limitado por la emergencia de variantes de los virus influenza resistentes a los adamantanos. Los inhibidores de la neuraminidasa han constituido el medicamento de elección disponible para el tratamiento y profilaxis de los virus influenza antes de la disponibilidad de la vacuna. En la presente investigación se realizó la caracterización molecular de los virus influenza circulantes en Cuba en el período abril 2009-agosto2010. Se seleccionaron para este análisis 120 muestras clínicas. El análisis de las mismas se realizó mediante reacción en cadena de la polimeraza y secuenciación nucleotídica. El análisis de las secuencias se realizó utilizando el programa MEGA v.5.0 y el BEAST. El análisis filogenético de los virus influenza estacionales y el virus pandémico evidenció que los mismos son genéticamente similares a las cepas incluidas en la vacuna recomendada por la OMS. La caracterización molecular de estos agentes demostró la circulación de variantes genéticas que requieren de una vigilancia sistemática. Mediante la identificación de variantes de virus influenza A resistentes al oseltamivir se detectó por primera vez en Cuba la circulación de virus influenza A(H1N1) que poseen marcadores de resistencia a los antivirales disponibles.