Introducción. Los estudios sobre clima organizacional, muestran gran utilidad, donde se utilizan como elementos fundamentales las percepciones que el trabajador tiene de las estructuras y procesos que ocurren en su medio laboral. Objetivo. Evaluar el clima organizacional en instituciones docentes de la Universidad de Ciencias Médicas de La Habana. Método. Se realizó una investigación descriptiva, de corte evaluativo, en centros docentes de la Universidad de Ciencias Médicas de La Habana en el período de enero a diciembre de 2013. Se estudiaron tres dimensiones: comportamiento organizacional, estructura organizacional y estilo de dirección. Resultados. En el departamento de pediatría de la Facultad de Ciencias Médicas (FCM) “Manuel Fajardo”, las categorías exploradas obtuvieron valores promedios entre 7.5 y 9.5, lo que conllevó a un clima organizacional adecuado. En el vicedecanato docente FCM “10 de Octubre” se obtuvieron cuatro categorías en la escala de clima organizacional en riesgo  entre  5,9  y 4,  ellas  fueron:  relaciones  Interpersonales  y de  trabajo,  estímulo  al  desarrollo organizacional, participación y solución de conflictos; en la escala de clima organizacional inadecuado por debajo de 4 estuvo la categoría condiciones de trabajo. Conclusiones. En el departamento de pediatría de la Facultad de Ciencias Médicas “Manuel Fajardo”, todas las dimensiones clasifican como clima organizacional adecuado; mientras que en el vicedecanato docente de la Facultad de Ciencias Médicas “10 de Octubre”, clasifican como clima organizacional en riesgo las dimensiones estructura organizacional y estilo de dirección.