Objetivo. Caracterizar el desempeño científico en Salud Pública de las instituciones cubanas partir de su productividad, especialización, impacto y colaboración.  Métodos. Se aplicaron indicadores bibliométricos de  producción, especialización, visibilidad y colaboración extraídos del portal SCImago Institutions Rankings a partir de datos de Scopus, categoría Public Health, Environmental and Occupational Health, período 2003-2012. Resultados. En el período 2003-2012, Cuba publicó 824 documentos en la categoría Salud Pública, Medicina Medioambiental y Ocupacional. De estos, 15 instituciones publicaron más de 10 documentos en esta categoría, lo que representó el 94% del total de contribuciones. Tres instituciones aportaron más del 55%, el Instituto Nacional de Higiene y Epidemiología, el Instituto de Medicina Tropical Pedro Kouri y la Escuela Nacional de Salud Pública (ENSAP). La mayoría de las instituciones estudiadas tienen alto nivel de especialización en Salud Pública. Las publicaciones aparecen principalmente en revistas nacionales y con bajo nivel de internacionacionalización relacionado tanto con la escaza publicación en inglés como con la  baja tasa de colaboración internacionacional.Conclusiones. Al nivel de las instituciones se refleja el patrón desproporcionado descrito anteriormente a nivel de país caracterizado por el volumen de producción y el bajo impacto y escaza producción publicada en revistas prestigiosas y entre los trabajos de excelencia.  Existe potencial para generar conocimiento científico de alta calidad, pero se necesitan estrategias que revolucionen la capacidad investigativa de las instituciones altamente especializadas para lograr intencionalmente elevar la calidad de la ciencia cubana en materia de Salud Pública.