Introducción. Estudiar y proponer la actualización del Manual de Supervisión para los auditores del Sistema Nacional de Salud que permita planificar, organizar y presentar el resultado de la acción de supervisión en las entidades del Sistema Nacional de Salud (SNS), además de mantener un adecuado control interno que facilite el uso racional de los recursos acorde con las transformaciones  necesarias que se producen en este sector. Objetivos. Actualizar el Manual de Supervisión del Sistema Nacional de Salud para el  alcance de un desempeño adecuado de los supervisores y un proceso de supervisión estandarizado de dicho sistema. Método. Fueron utilizados métodos cualitativos y se interpretan datos con base a la opinión de procesos y sujetos investigados y como se desarrollan en la realidad de la vida dentro del Sistema Nacional de Salud. También la investigación es descriptiva a partir de las características observables generales del proceso describiendo las causas y regularidades que tienen lugar en la supervisión que se desarrollan en el Sistema Nacional de Salud. Resultados. Permitió identificar las insuficiencias en el proceso de la supervisión, así como el diseño de la presentación del informe final y su discusión. Conclusiones. El Manual actualizado se adapta a las características generales de las entidades del sector y constituye una herramienta para presentar el resultado a los directivos permitiéndole la toma de decisiones, así como la aplicación del control interno