Este artigo aborda o desenvolvimento de uma metodologia que busca relacionar o desempenho entre as políticas públicas de saúde e os seus orçamentos. Seu objetivo é avaliar o desempenho do gasto em saúde  do  município  de  São  Bernardo  do  Campo  a  partir  do  “Orçamento  por  Desempenho”,  que relaciona  o planejamento  com os resultados  da política  de saúde  alcançados.  Para a avaliação  de desempenho do gasto em saúde do município de São Bernardo do Campo, entre 2005 a 2012, foram utilizados os instrumentos  orçamentários  e os relatórios  e planilhas provenientes  dos processos de pactuação em saúde, além de dados secundários acessados em diversas bases federais de informações. Este período de análise garantiu a comparação entre diferentes grupos gestores com maior ou menor sucesso  de  produção  de  um  sistema  de  saúde.  As  características  gerais  demonstraram  grande crescimento a partir de 2009 com a implantação dos mais variados serviços e equipes de saúde. Ao analisar os instrumentos orçamentários observou-se uma melhora na organização, padronização e processo de relação dos indicadores citados no PPA e presentes nas pactuações da Saúde Pública. Porém notou-se que os processos de avaliação de metas físicas indicadas nas LDOs, em todos os anos de estudo, não foram cumpridos por nenhum grupo gestor. A elaboração e proposição de uma metodologia, na lógica do “Orçamento por Desempenho” se apoia na construção de uma matriz de indicadores pactuados no âmbito do SUS e organizados por subfunções orçamentárias da área da saúde e categorias como recursos, outputs, eficiência e outcomes.