Introducción: los estudios sobre clima organizacional, muestran gran utilidad, donde se utilizan como elementos fundamentales las percepciones que el trabajador tiene de las estructuras y procesos que ocurren en su medio laboral. Objetivo: evaluar el clima organizacional en instituciones docentes de la Universidad de Ciencias Médicas de La Habana. Método: se realizó una investigación descriptiva, de corte evaluativo, en instituciones docentes de la Universidad de Ciencias Médicas de La Habana en el período de enero a diciembre de 2013. Se estudiaron tres dimensiones: comportamiento organizacional, estructura organizacional y estilo de dirección. Resultados: en el departamento de pediatría de la Facultad de Ciencias Médicas (FCM) “Manuel Fajardo”, las categorías exploradas obtuvieron valores promedios entre 7.5 y 9.5, lo que conllevó a un clima organizacional adecuado. En el vicedecanato docente FCM “10 de Octubre” se obtuvieron cuatro categorías en la escala de clima organizacional en riesgo entre 5,9 y 4, ellas fueron: relaciones Interpersonales y de trabajo, estímulo al desarrollo organizacional, participación y solución de conflictos; en la escala de clima organizacional inadecuado por debajo de 4 estuvo la categoría condiciones de trabajo.Conclusiones: En el departamento de pediatría de la Facultad de Ciencias Médicas “Manuel Fajardo”, todas las dimensiones clasifican como clima organizacional adecuado; mientras que en el vicedecanato docente de la Facultad de Ciencias Médicas “10 de Octubre”, clasifican como clima organizacional en riesgo las dimensiones estructura organizacional y estilo de dirección.