Introducción: La utilización del método clínico en la enseñanza del diagnóstico de anomalías dentomaxilofaciales es de gran importancia en la asignatura de Ortodoncia, para que el estomatólogo general realice la atención integral según el perfil profesional de su modelo de formación.
Métodos: Se emplearon métodos del nivel teórico, empírico y de la estadística descriptiva. De una población de seis profesores de ortodoncia y 36 estudiantes de cuarto año de la carrera de Estomatología del curso 2013-2014 se seleccionó una muestra aleatoria de 19 estudiantes de la segunda estancia de esta asignatura y el 100% de los profesores. 
Principales resultados: Se diseñó una metodología para la enseñanza del diagnóstico de anomalías dentomaxilofaciales centrado en el método clínico y sustentada en el enfoque desarrollador de la didáctica. Su estructura incluye procedimientos desde la planificación, organización y ejecución hasta su evaluación. Se comprobó el cambio favorable de un nivel muy bajo en la etapa inicial en los profesores y estudiantes de los grupos control y experimental, a un nivel alto en la etapa final en los integrantes del grupo experimental.
Conclusiones: La metodología propuesta contribuyó al perfeccionamiento de la enseñanza del diagnóstico clínico de anomalías dentomaxilofaciales.