La alternativa de transformación de la estructura en que se desdobla  en sector de la salud en situaciones excepcionales y de desastres enfocándose a la categoría de perfeccionamiento de la estructura lineal y funcional de los órganos de salud de las agrupaciones territoriales que se activan para la atención a las víctimas y damnificados en estos eventos, el subgrupo de salud de la zona de defensa, articulándose los campos de la teoría y la práctica de manera diferenciada y sobredimensionada en el problema científico identificado sigue el objetivo de validar una metodología para el reordenamiento y cambio organizacional. Se sustenta en una investigación compleja cuasi-experimental, no cuantificada, longitudinal, prospectiva y de desarrollo; con aplicación del método empirista de experimentación lógica y con enfoque histórico-dialéctico, desde la observación y con paradigma crítico. El resultado consiste en el proceso de intervención para instrumentar los componentes del perfeccionamiento organizacional, validando un modelo alternativo que resuelva las contradicciones existentes entre el estado actual y el estado deseado de los consultorios del médico de la familia que se activan como puestos médicos en las situaciones de emergencias y desastres, el fortalecimiento de otras unidades del sistema de salud y el empoderamiento del Grupo Básico de Trabajo como órgano de dirección del subgrupo de salud de la zona de defensa, trabajo este que distingue el papel de la universidad en las situaciones excepcionales y de desastres. Se concluye en un modelo alternativo de estructura organización capaz de facilitar una conducción más eficiente y cualitativamente superior.